MySQL è già presente nel tuo NAS.
Se accedi da admin all'interfacci DSM 2.x vai in NETWORKING SERVICES -> WEB SERVICES ed attiva il servizio MySQL.

Adesso quello che ti manca è un'interfaccia per la gestione.
Ti consiglio quella utilizzata dalla maggioranza delle persone che usano mySQL: phpMyAdmin.
La puoi trovare al seguente link (freeware): http://www.phpmyadmin.net/home_page/index.php

Una volta scaricato il pacchetto unzippalo e copialo all'inyerno della directory "web" del tuo Synology nas.
Per accedervi: http://IP_NAS/Nome_directory_di_phpmyadmin
e segui le istruzioni.

Saluti
Parsipal